Omik teknolojilerin kullanımı sonucu ortaya çıkan büyük miktardaki verinin içinden potansiyel sonuçların aranması, değerlendirilmesi, in silico ortamda verilen saklanması ve bu yöntemlerin kullanımının doğrulanması dersin ana amacıdır. Bunun yanında yeni nesil dizileme teknikleri, proteomik ve transkriptomik analizler sonucu elde edilen verinin işlenerek potansiyel ilişki ağının ortaya çıkarılması amaçlanmaktadır.
Ön Koşullar
XXX Ders Adı...
Eş Koşullar
XXX Ders Adı...
Özel Koşullar
Dersin alınabilmesi için öğrenciden beklenen asgari yeterlilikler.(Örnekler: Yabancı dil seviyesi, derse devam, önceden edindiği kurumsal yeterlilikler vs. gibi)
Öğretim Üyeleri
Doç. Dr. Alper Yılmaz
Asistanlar
Ders Gün,Saat ve Yeri
Ders bahar döneminde açılacaktır.
Görüşme Saatleri ve Yeri
Öğretim Üyesinin ismi, Gün, XX.XX-XX.XX, xxx Yerleşkesi Ofis no
Öğretim Yöntem ve Teknikleri
Sözlü Anlatım
Bilgisayar Kullanımı
Literatür araştırması
Proje çalışması
Temel Kaynaklar
Biological Data Mining by Jake Y. Chen; Stefano Lonardi
Biological Data Mining and its Aplications in Healtcare (Science, Engineering, and Biology Informatics) by XIAOLI LI, SEE-KIONG NG, JASON T L WANG
Data Mining in Bioinformatics (BIOKDD)
Diğer Kaynaklar
Haftalık Ders Programı
Hafta
Dersin İçeriği
Öğretim Yöntem ve Teknikleri
1. Hafta
Veri madenciliğine giriş
Sözlü anlatım
2. Hafta
Yeni nesil dizileme tekniklerinin irdelenmesi ve ortaya çıkan verilerin analizi
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
3. Hafta
Galaxy veritabanı
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
4. Hafta
R dili
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
5. Hafta
mikroRNA'ların R dili ile tanımlanması ve İfade düzeylerinin belirlenmesi
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
6. Hafta
Vaka 1: miRNA veritabanlarının belirlenmesi
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
7. Hafta
Vaka 2: Elde edilen miRNA sonuçlarının analizi
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
8. Hafta
Ara sınav
Bilgisayar kullanımı
9. Hafta
Protein veri tabanı
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
10. Hafta
2boyutlu jel elektroforezi spot analizleri
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
11. Hafta
İnteraktom analizleri ve veri tabanında ilişki analizi
Sözlü anlatım
Bilgisayar kullanımı
12. Hafta
Proje 1
Bilgisayar kullanımı
13. Hafta
Proje 2
Bilgisayar kullanımı
14. Hafta
Final sunumları
Bilgisayar kullanımı
15. Hafta
Final haftası
Bilgisayar kullanımı
16. Hafta
Final haftası
Bilgisayar kullanımı
17. Hafta
Ödev sunumları
Bilgisayar kullanımı
Değerlendirme Ölçütleri
Ölçüt Tipleri
Adet
Yüzdesi(%)
Ara sınav(lar)
1
25
Ödevler / Dönem Ödevi / Sunum
1
30
Derse Devam / Katılım
1
5
Final
1
40
ÖÇ-1
Çevirimiçi analiz yöntemlerinin moleküler biyoloji ve genetik bölümü kapsamında kullanılması.
ÖÇ-2
Yeni nesil dizileme tekniklerinin deneysel sürecinin ve analiz sürecinin öğrenilmesi
ÖÇ-3
Proteomik çalışmaların deneysel sürecinin ve analiz sürecinin öğrenilmesi
ÖÇ-4
Galaxy, Prism, Pymol, GEO, DAVID Web tabanlı sistemler kullanılarak büyük ölçekli verilen analizlerinin yapılması
ÖÇ-5
Proje çalışmaları ile yapılan transkriptomik be proteomik analizlerin tartışılması
Program Çıktıları
PÇ-1
Matematik, fizik, kimya ve biyoloji gibi temel bilimlerden elde edilen verileri moleküler biyoloji ve genetiğin kapsadığı tüm alanlarla ilgili problemlere uygulayabilme.
PÇ-2
Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili tüm problemleri tanımlama, modelleme ve çözüm yolları üretme becerisi.
PÇ-3
Tanımlanan problem doğrultusunda analitik yöntemlerle süreci başlatabilme, ilerletebilme ve sonuçlandırma yetisi.
PÇ-4
Moleküler biyoloji ve genetik bölümünün başlıca çalışma alanı olan canlılar hakkında var olan tüm bilgileri genel anlamda kavrama yetisi.
PÇ-5
Bilimsel gelişmelere araştırma ve geliştirme yetileri ile katkılarda bulunma.
PÇ-6
Verileri çözümleme, deney yapma ve tasarlama, sonuçları yorumlama becerisi.
PÇ-7
Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel teknikleri ve hesaplama yöntemlerini kullanabilme.
PÇ-8
Ulusal veya uluslar arası toplumsal sorunlara çözüm odaklı, disiplin içi ve disiplinler arası takım çalışmasını uyumlu bir şekilde yapabilme ve en az bir yabancı dili mesleği ile ilgili kullanabilme yetisi
PÇ-9
Bağımsız davranma, inisiyatif kullanma ve yaratıcılık becerisi.
PÇ-10
Bireysel çalışma becerisi ve bağımsız karar verebilme yetisine sahip olarak fikirlerini sözlü ve yazılı, açık ve öz bir şekilde ifade ederek iletişim kurabilme.
PÇ-11
Mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahip olabilme.
PÇ-12
Kalite konularında bilinç sahibi olabilme.
PÇ-13
Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseyerek, alanı ve ilgili alanlara ilişkin güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme.
