Rekombinant DNA kullanılan temel tekniklerin teorisini öğrenmek ve laboratuvarda uygulamak, vektör seçim kriterlerini kavramak, rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan ileri analiz yöntemlerini ve kullanım alanlarını öğrenmek, hedef odaklı deneysel yaklaşım oluşturmayı öğrenmek, bir proje oluşturmak, deneylerini yapmak, sonuçlarını yorumlamak ve rapor olarak sunabilmek
Ön Koşullar
-
Eş Koşullar
-
Özel Koşullar
-
Öğretim Üyeleri
Dr. Öğr. Üyesi Sinan Meriç
Asistanlar
Ders Gün,Saat ve Yeri
Çarşamba 13.00-16.00
MBG Laboratuvarı II
Görüşme Saatleri ve Yeri
Ataköy Kampüsü
Cats platformu üzerinden online görüşme
Öğretim Yöntem ve Teknikleri
- Öğretmen merkezli bilgisayar sunumu
- Anlatım
- Tartışma
- Bağımsız çalışma
- Animasyon ve videolar
- İnternet araştırması
- Laboratuvar
Temel Kaynaklar
1. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction, 6th Edition, T. Brown, Wiley-Blackwell, ISBN: 978-1-4051-8173-0, 2010
2. From Genes to Genomes: Concepts and Applicaitons of DNA Technology, 2nd Edition, Dale, von Schantz, John Wiley & Sons, Ltd, ISBN: 978-0-470-01734-0, 2007
3. Principles of Gene Manipulation and Genomics, 7th Edition, Primrose, Twyman, Blackwell Publishing, ISBN: 978-1-4051-3544-3, 2006
Diğer Kaynaklar
Haftalık Ders Programı
Hafta
Dersin İçeriği
Öğretim Yöntem ve Teknikleri
1. Hafta
Rekombinant DNA teknolojisine giriş;
Proje yapımında kullanılacak olan organizmanın ve klonlanması hedeflenen gen bölgesinin seçimi
Sözlü anlatım;
Proje
2. Hafta
Rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan temel teknikler;
Hedef DNA molekülünün eldesi;
Hedef DNA molekülünün klonlama araçlarına aktarımı;
Kimerik DNA’nın konakçı hücreye aktarımı;
Kimerik DNA’yı taşıyan hücrelerin tespiti ve plazmid doğrulanmasında kullanılan yöntemler;
Genomik DNA izolasyonu
Gen anlatım vektörleri;
Maya vektörleri;
Memeli hücre vektörleri;
Süper vektörler (BAC, YAC, MAC, HAC);
Hedef bölgenin PZR ile amplifikasyonu için primer dizaynı
Sözlü anlatım;
Proje
5. Hafta
Gen transfer yöntemleri;
Kimyasal transformasyon;
Elektroporasyon;
Hayvanlara gen aktarımı;
Bitkilere gen aktarımı;
PZR ile amplifikasyon
Sözlü anlatım;
Proje
6. Hafta
Gen klonlama stratejileri;
Tüm genom/transkriptom klonlama;
PZR amplifikasyon sonuçlarının agaroz jelde görüntülenmesi ve doğrulanması;
Amplikonun jelden geri kazanımı
Sözlü anlatım;
Proje
7. Hafta
Özgün klonlama;
Jelden geri kazanılan amplikonun doğrulanması
Sözlü anlatım;
Proje
8. Hafta
Genomik ve cDNA kütüphanelerinin oluşturulması ve taranması;
Genomun rastgele parçalanması;
Genomun kısmi kesimi;
Genomik kütüphane için vektör seçimi;
Genomik kütüphanenin kurulumu ve sonuçların değerlendirilmesi;
Genomik kütüphanelerin saklanması
Klonlama için vektör ve bu vektöre uygun restriksiyon enzimlerinin seçimi
Sözlü anlatım;
Proje
9. Hafta
cDNA kütüphanelerinin kurulumu;
Rastgele, dizili ve düzenli kütüphaneler;
Kütüphanelerin gen probları kullanarak taranması;
Alt klonlama;
Vektöre klonlama
Sözlü anlatım;
Proje
10. Hafta
Gen anlatımının ve fonksiyonunun analizi;
Transkripsiyonun analiz yöntemleri;
Transkriptomun analiz yöntemleri;
Promotor aktivite analizi;
Translasyonun analiz yöntemleri;
Klonlama sonuçlarının restriksiyon enzim kesimi ile doğrulanması
Sözlü anlatım;
Proje
11. Hafta
Genetik haritalama;
Transpozon mutasyon kütüphaneleri;
Gen nakavtı;
Komplementasyon analizi;
Gen fonksiyonunun protein etkileşimleri üzerinden araştırılması;
Klonlanmış vektörün bakteri hücrelerine aktarımı ve agar seleksiyonu
Sözlü anlatım;
Proje
12. Hafta
Rekombinant protein üretimi;
Bakterilerde rekombinant protein üretimi;
Protein modifikasyonları;
Bakterilerden plazmid izolasyonu
Sözlü anlatım;
Proje
13. Hafta
Transgenik yaklaşımlar;
İzole edilen plazmidlerde gen bölgesinin varlığının restriksiyon enzim kesimi ile doğrulanması
Sözlü anlatım;
Proje
14. Hafta
Elde edilen sonuçların tartışılması
Tartışma
15. Hafta
Final haftası
16. Hafta
Final haftası
17. Hafta
Final haftası
Değerlendirme Ölçütleri
Ölçüt Tipleri
Adet
Yüzdesi(%)
Ara sınav(lar)
1
10
Ödevler / Dönem Ödevi / Sunum
1
20
Projeler
1
20
Derse Devam / Katılım
1
10
Final
1
40
ÖÇ-1
Moleküler biyolojide kullanılan temel analiz tekniklerinin rekombinant DNA teknolojisinde uygulama alanlarını öğrenmek.
ÖÇ-2
Rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan ileri analiz yöntemlerini ve bu yöntemler kullanılarak elde edilen sonuçların nasıl yorumlanacağını öğrenmek.
ÖÇ-3
Hedef odaklı proje oluşturma, uygulamaya yönelik laboratuvar deneylerini seçebilme, uygulayabilme ve sonuçları yorumlayabilme.
ÖÇ-4
Rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan temel tekniklerden oluşan bir projeyi tek başına yürütebilme.
ÖÇ-5
Laboratuvar uygulamalarında elde edilen sonuçları anlaşılır bir rapor halinde hazırlayıp, bilgisayar ortamında tartışarak sunabilme.
ÖÇ-6
Transgenik hayvan ve bitki teknolojilerinin nasıl gerçekleştiğini ve kullanım alanlarını anlama, kavrama ve etik açısından tartışabilme.
Program Çıktıları
PÇ-1
Matematik, fizik, kimya ve biyoloji gibi temel bilimlerden elde edilen verileri moleküler biyoloji ve genetiğin kapsadığı tüm alanlarla ilgili problemlere uygulayabilme.
PÇ-2
Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili tüm problemleri tanımlama, modelleme ve çözüm yolları üretme becerisi.
PÇ-3
Tanımlanan problem doğrultusunda analitik yöntemlerle süreci başlatabilme, ilerletebilme ve sonuçlandırma yetisi.
PÇ-4
Moleküler biyoloji ve genetik bölümünün başlıca çalışma alanı olan canlılar hakkında var olan tüm bilgileri genel anlamda kavrama yetisi.
PÇ-5
Bilimsel gelişmelere araştırma ve geliştirme yetileri ile katkılarda bulunma.
PÇ-6
Verileri çözümleme, deney yapma ve tasarlama, sonuçları yorumlama becerisi.
PÇ-7
Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel teknikleri ve hesaplama yöntemlerini kullanabilme.
PÇ-8
Ulusal veya uluslar arası toplumsal sorunlara çözüm odaklı, disiplin içi ve disiplinler arası takım çalışmasını uyumlu bir şekilde yapabilme ve en az bir yabancı dili mesleği ile ilgili kullanabilme yetisi
PÇ-9
Bağımsız davranma, inisiyatif kullanma ve yaratıcılık becerisi.
PÇ-10
Bireysel çalışma becerisi ve bağımsız karar verebilme yetisine sahip olarak fikirlerini sözlü ve yazılı, açık ve öz bir şekilde ifade ederek iletişim kurabilme.
PÇ-11
Mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahip olabilme.
PÇ-12
Kalite konularında bilinç sahibi olabilme.
PÇ-13
Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseyerek, alanı ve ilgili alanlara ilişkin güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme.
