Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikroarray verilerinin değerlendirilmesi, genomik ve proteomik yaklaşımlar bu dersin kapsamındadır.
Ön Koşullar
-
Eş Koşullar
-
Özel Koşullar
İngilizce literatürü takip edebilmek ve web tabanlı programları kullanabilmeye alışkın olmak
Öğretim Üyeleri
Doç. Dr. Alper Yılmaz
Asistanlar
Ders Gün,Saat ve Yeri
Perşembe 13:00-16:00, Ataköy yerleşkesi 4C-08-10
Görüşme Saatleri ve Yeri
Çarşamba, 16:00-17:00, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Ofis
İki DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment
Sözlü anlatım
4. Hafta
İki DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment
Uygulama
5. Hafta
BLAST
Sözlü anlatım
6. Hafta
BLAST
Uygulama
7. Hafta
Ara sınav
Analiz ve sentez
8. Hafta
Çoklu dizi analizi-karşılaştırması
Sözlü anlatım
9. Hafta
Moleküler filogeni ve evrim
Sözlü anlatım
10. Hafta
Çoklu dizi analizi ve filogeni
Uygulama
11. Hafta
RNA için biyoinformatik yöntemler
Sözlü anlatım
12. Hafta
Mikroarray veri analizi, protein yapısı
Sözlü anlatım
13. Hafta
Mikroarray veri analizi, protein yapısı
Uygulama
14. Hafta
Genomik ve proteomik
Sözlü anlatım
15. Hafta
Final haftası
Analiz ve sentez
16. Hafta
Final haftası
Analiz ve sentez
17. Hafta
Final haftası
Analiz ve sentez
Değerlendirme Ölçütleri
Ölçüt Tipleri
Adet
Yüzdesi(%)
Ara sınav(lar)
1
25
Ödevler / Dönem Ödevi / Sunum
2
30
Derse Devam / Katılım
1
10
Final
1
35
ÖÇ-1
Biyolojik veritabanlarının temellerinin anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme
ÖÇ-2
İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi
ÖÇ-3
Verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme
ÖÇ-4
Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak analiz edebilme
ÖÇ-5
Biyoinformatik araçları kullanarak genomik ve proteomik yaklaşımın tartışılabilmesi
Program Çıktıları
PÇ-1
Matematik, fizik, kimya ve biyoloji gibi temel bilimlerden elde edilen verileri moleküler biyoloji ve genetiğin kapsadığı tüm alanlarla ilgili problemlere uygulayabilme.
PÇ-2
Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili tüm problemleri tanımlama, modelleme ve çözüm yolları üretme becerisi.
PÇ-3
Tanımlanan problem doğrultusunda analitik yöntemlerle süreci başlatabilme, ilerletebilme ve sonuçlandırma yetisi.
PÇ-4
Moleküler biyoloji ve genetik bölümünün başlıca çalışma alanı olan canlılar hakkında var olan tüm bilgileri genel anlamda kavrama yetisi.
PÇ-5
Bilimsel gelişmelere araştırma ve geliştirme yetileri ile katkılarda bulunma.
PÇ-6
Verileri çözümleme, deney yapma ve tasarlama, sonuçları yorumlama becerisi.
PÇ-7
Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel teknikleri ve hesaplama yöntemlerini kullanabilme.
PÇ-8
Ulusal veya uluslar arası toplumsal sorunlara çözüm odaklı, disiplin içi ve disiplinler arası takım çalışmasını uyumlu bir şekilde yapabilme ve en az bir yabancı dili mesleği ile ilgili kullanabilme yetisi
PÇ-9
Bağımsız davranma, inisiyatif kullanma ve yaratıcılık becerisi.
PÇ-10
Bireysel çalışma becerisi ve bağımsız karar verebilme yetisine sahip olarak fikirlerini sözlü ve yazılı, açık ve öz bir şekilde ifade ederek iletişim kurabilme.
PÇ-11
Mesleki ve etik sorumluluk bilincine sahip olabilme.
PÇ-12
Kalite konularında bilinç sahibi olabilme.
PÇ-13
Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseyerek, alanı ve ilgili alanlara ilişkin güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme.
