Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi için araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikroarray verilerinin değerlendirilmesi, genomik ve proteomik yaklaşımların yanısıra SNP analizleri, populasyon üzerinde olası mutasyonların etkilerinin incelenmesi bu dersin kapsamındadır.
Ön Koşullar
-
Eş Koşullar
-
Özel Koşullar
-
Öğretim Üyeleri
Prof. Dr. Seyhan Altun
Asistanlar
-
Ders Gün,Saat ve Yeri
Ders bu yarıyıl açılmamıştır
Görüşme Saatleri ve Yeri
Hergün, MOBIGEN, Ataköy Kampüs
Öğretim Yöntem ve Teknikleri
-Sözlü anlatım, demonstrasyon, problem çözümü
Temel Kaynaklar
-Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics, 2nd Edition
http://bcs.wiley.com/he-bcs/Books?action=index&bcsId=5109&itemId=0470085851
Diğer Kaynaklar
-www.pubmed.com
Haftalık Ders Programı
Hafta
Dersin İçeriği
Öğretim Yöntem ve Teknikleri
1. Hafta
Biyoinformatik ve kullanım alanları: Kimler kullanabilir, nasıl ve ne amaçla kullanılabilir
Sözlü anlatım
2. Hafta
Biyolojik veritabanlarının tanımlanması
Sözlü anlatım
3. Hafta
DNA/protein veri bankaları ve kullanım stratejileri
Sözlü anlatım
4. Hafta
Santral dogma bilgi akışının biyoinformatik yönden incelenmesi
Sözlü anlatım
5. Hafta
Dizi analizi
Sözlü anlatım
6. Hafta
BLAST
Sözlü anlatım
7. Hafta
Filogenetik ağaç kurulumu
Sözlü anlatım
8. Hafta
Mikroarray sonuçlarının değerlendirilmesi
Sözlü anlatım
9. Hafta
Proteomik veri eldesi ve değerlendirilmesi
Sözlü anlatım
10. Hafta
Yapısal analiz
Sözlü anlatım
11. Hafta
Problem çözümü
Uygulama
12. Hafta
Problem çözümü
Uygulama
13. Hafta
Proje
Uygulama
14. Hafta
Proje
Uygulama
15. Hafta
Final haftası
16. Hafta
Final haftası
17. Hafta
Final haftası
Değerlendirme Ölçütleri
Ölçüt Tipleri
Adet
Yüzdesi(%)
Ara sınav(lar)
1
25
Ödevler / Dönem Ödevi / Sunum
1
40
Final
1
35
ÖÇ-1
Biyolojik veritabanlarının temellerinin anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme
ÖÇ-2
İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi
ÖÇ-3
Verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme
ÖÇ-4
Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak analiz edebilme
ÖÇ-5
Biyoinformatik araçları kullanarak genomik ve proteomik yaklaşımın tartışılabilmesi
ÖÇ-6
SNP analizleri ve populasyonda mutasyon analizlerinin yapılabilmesi
Program Çıktıları
PÇ-1
Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirmek, alanda var olan problemleri belirleyebilmek, analiz edebilmek ve çözüm üretebilme yetisine sahip olmak.
PÇ-2
Lisans düzeyinde kazanılan yetkinlikler temelinde moleküler hücre biyolojisi, bitki biyoteknolojisi ve moleküler genetik temel alanlarında özgün çalışmalar için yeni teknolojilere dayalı araştırma stratejileri geliştirebilmek ve uygulayabilmek.
PÇ-3
En az bir yabancı dili kullanarak alanı ile ilgili konuları tartışabilmek.
PÇ-4
Toplumsal sorunlara duyarlı olmak ve alanının bilgi ve becerilerini, diğer disiplinlerin bilgileri ile sentezleyerek bu sorunlara çözüm üretebilme yetisini kazanabilmek.
PÇ-5
Uzmanlık alanının bilgi birikimi ve bilimsel yaklaşımları çerçevesinde bağımsız karar alabilmek ve yaratıcılık becerilerini kullanarak proje üretebilmek ve yürütebilmek.
PÇ-6
Problemi çözüm aşamasında bağımsız karar alabilmek ve becerilerini kullanarak ekip çalışmasına uyumlu bir şekilde katkıda bulunabilmek.
PÇ-7
Edinmiş olduğu bilgi birikimini nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alan içi ve/veya alan dışı gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak sunabilmek.
PÇ-8
Araştırmalarında insan hakları ve bilim etiğine uygun hareket etmeyi benimsemek
PÇ-9
Alanın gerektirdiği düzeyde bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanabilmek.
PÇ-10
Program süresince edinilen bilgi ve becerilerin bir üst akademik düzeyde devam ettirilebilmesi için gereken donanıma sahip olabilmek.
